สภาพอากาศของญี่ปุ่นแบ่งออกเป็น 4 ฤดูได้ดังนี้ ฤดูใบไม้ผลิ (Spring) เริ่มตั้งแต่เดือนมีนาคมไปจนถึงเดือนพฤษภาคม ฤดูร้อน (Summer) ตั้งแต่เดือนมิถุนายนจนถึงเดือนสิงหาคม ฤดูใบไม้ร่วง (Autumn) ตั้งแต่เดือนกันยายนจนถึงเดือนพฤศจิกายน และฤดูหนาว (Winter) เริ่มตั้งแต่เดือนธันวาคม ไปจนถึงเดือนกุมภาพันธ์ ซึ่งแบ่งออกเป็น 4 ฤดูใหญ่ตามแต่สภาพอุณหภูมิ และสภาพอากาศที่แตกต่างกันอย่างมาก อีกทั้งสภาพภูมิประเทศของญี่ปุ่นซึ่งตั้งแต่ทางทิศเหนือจรดทิศใต้นั้นเป็นแนวยาว ทำให้ทางภาคเหนือคือฮอกไกโดอยู่ในเขตหนาวเย็น และทางภาตใต้ โอกินาว่าอยู่ในเขตร้อน เกาะฮอนชูซึ่งอยู่ส่วนกลางเป็นเทือกเขาทอดยาวไปทางเหนือใต้ ฝั่งตะวันออกที่ติดกับมหาสมุทรแปซิฟิกจะมีฝนตกมากในฤดูร้อน ส่วนด้านตะวันตกที่ติดกับทะเลญี่ปุ่นจะมีหิมะมากในฤดูหนาว
ฤดูใบไม้ผลิ (Spring)
เริ่มตั้งแต่เดือนมีนาคม – พฤษภาคม อุณหภูมิในช่วงนี้อยู่ที่ประมาณ 12-16 องศาเซลเซียส เป็นช่วงที่สภาพอากาศดี พอ ๆ กับฤดูใบไม้ร่วงเป็นช่วงที่สามารถรับรู้ถึงลมหายใจของสิ่งมีชีวิตต่าง ๆ "การชมซากุระ" ที่เป็นสิ่งที่ทำให้นึกถึงฤดูใบไม้ผลิของญี่ปุ่นก็สามารถทำได้ในฤดูนี้ ในฤดูกาลนี้ ทั่วญี่ปุ่นจะนิยมดูดอกไม้ (เทศกาลฮานามิ) ทุกภูมิภาคคุณสามารถชมดอกซากุระในช่วงปลายเดือนมีนาคม – ต้นเดือนเมษายน ซึ่งจะบานเพียง 2 สัปดาห์ โดยจะเริ่มจากทางใต้ก่อนแล้วจึงไล่ขึ้นมาถึงภาคเหนือ จุดชมเทศกาลชมดอกซากุนะ ก็จัดขึ้นตามแต่ละพื้นที่ อย่างเช่นในโตเกียวซากุระจะบานสวยงามช่วงปลายเดือนมีนาคมจนถึงต้นเดือนเมษายน ทว่า ในฤดูกาลนี้บางช่วงอากาศจะอบอุ่น แต่บางครั้งอากาศก็หนาวลงอย่างกะทันหันในวันถัดไป
ฤดูร้อน (Summer)
ช่วงเดือนมิถุนายน – สิงหาคม อุณหภูมิอยู่ที่ประมาณ 27-36 องศาเซลเซียส ฤดูกาลนี้ถึงจะร้อนแต่ว่ามีดอกไม้ที่สวยและเป็นที่นิยมในหมู่นักท่องเที่ยวมาก ๆ คือ ดอกลาเวนเดอร์ ซึ่งที่สวยที่สุดจะอยู่ที่ฟุราโน่ในเดือนกรกฎาคม ปัจจุบันยังมีทุ่งลาเวนเดอร์ที่จังหวัดอื่น ๆ เช่น นุมาตะ จังหวัดกุมมะ และคาวากุชิโกะ จังหวัดยามานาชิอีกด้วย นอกจากนี้จะมีเทศกาลประจำปีฤดูร้อนและงานดอกไม้ไฟ ซึ่งจะจัดในช่วงเดือนกรกฎาคมจนถึงสิงหาคม ตามแต่ละพื้นที่ที่กำหนดซึ่งในงานจะมีขบวนแห่เทพเจ้า ส่วนงานดอกไม้ไฟจะจัดตามชายฝั่งทะเลหรือริมแม่น้ำ โดยจะจุดพลุสีสันสดใสมากมายขึ้นบนท้องฟ้ายามค่ำคืน
ฤดูใบไม้ร่วง (Autumn)
เริ่มตั้งแต่เดือนกันยายน – พฤศจิกายน อุณหภูมิในช่วงเดือนกันยายนจะยังไม่หนาวมาก อยู่ที่ประมาณ 15-22 องศาเซลเซียส อากาศจะเริ่มเย็นขึ้นในเดือนตุลาคมใบไม้จะเริ่มเปลี่ยนสีตั้งแต่เดือนตุลาคม ซึ่งการเปลี่ยนสีนั้นขึ้นอยู่กับสภาพอากาศด้วย ถ้าอากาศเย็นเร็ว ใบไม้ก็จะเปลี่ยนสีเร็ว ใบไม้เปลี่ยนสีสามารถชมได้ทั่วทุกภูมิภาค ตามสวนสาธารณะ หรือแหล่งท่องเที่ยวทางธรรมชาติ เช่น นิกโก้ เกียวโต บริเวณภูเขาไฟฟูจิที่คาวากุชิโกะ และออนเซ็นก็เริ่มเป็นที่นิยมมากขึ้นเพราะอากาศเริ่มเย็นลง
ฤดูหนาว (Winter)
เริ่มตั้งแต่เดือนธันวาคม – กุมภาพันธ์ อุณหภูมิในฤดูนี้จะแตกต่างกันไปในแต่ละภูมิภาค แต่จะมีอุณหภูมิตั้งแต่ 9 ลงไปถึง -10 กว่าองศา กิจกรรมในฤดูหนาว เช่น สกี สโนว์บอร์ด คงถูกอกถูกใจหลายๆ คน สถานที่ที่นิยมเล่นสกี คือ จังหวัดนีกาตะ นากาโน่ และฮอกไกโด แต่ถ้าใครที่ไม่นิยมเล่นกิจกรรมพวกนี้ ก็ยังมีการชมไฟ Illumination ซึ่งจัดขึ้นทั่วประเทศ โดยจะนิยมไปชมกันมากที่หมู่บ้านชิราคาวาโกะ ชมบ้านหิมะที่ฮอกไกโด ซึ่งในเดือนกุมภาพันธ์ของทุกๆ ปี ซัปโปโรจะจัดเทศกาลหิมะอย่างยิ่งใหญ่ และชมพลุฤดูหนาวที่คาวากุชิโกะ ใกล้ๆ ภูเขาไฟฟูจิในเดือนกุมภาพันธ์